醫療質量管理上的缺陷、不良事件的發生主要是由于系統、流程上的缺陷，協和醫院每年設定一個質量管理的主題，進行醫療質量持續改進。
非懲罰性學習型報告系統
醫院2007年進行不良事件安全隱患的報告系統改進，推出了非懲罰性學習型的工作系統，通過鼓勵上報、納入績效考核、專人管理三個階段，以及科室層面的及時發現、客觀記錄、細節調研分類管理、團隊分析、對策優化廣而告之以及持續落實這樣8個步驟實現了不良事件上報體系的規范化。醫務人員從擔心被批評、被告狀到主動上報再到自我改進，形成了醫療安全質量管理的預警系統。2013年，醫院突破了千例不良事件安全隱患報告，發放了27份系統改進意見書。
手術安全管理
醫院開展了包含手術風險分級管理系統、手術不良事件上報系統，手術安全管理信息系統、手術安全核查制度以及圍術期安全護理系統五大方面的手術麻醉安全管理體系建設。在五年的建設規劃中，醫院尤其重視術前風險評估系統的建設。手術前，醫院會根據病人全身情況、麻醉分級、手術創傷難度進行手術風險分級，隨后根據手術風險級別確定術前管理方案，并最終由術者簽字確認。醫院的14個手術科室完成了風險評估管理系統基礎建設，包括3000多個手術項目的難度分級、手術風險評估表和手術風險分級管理表的制定完善，以及400多位醫師的手術分級授權。
質量監控內外結合
協和醫院利用內外兩方面的抓手把控質量：外部，醫院借助ISO9000每年進行質量評價，通過三甲醫院標準進行審查；內部，醫院通過績效考核以及質量安全個案管理進行質量監控。
在對病歷內涵做質控檢查時，醫院形成了三級檢查病歷制度，從醫院、科室、病房三個層面檢查病歷；與此同時，醫院成立了病歷內涵質控專家小組，建立了手術科室和非手術科室的《病歷內涵質量檢查標準》。績效考核要進行全面的公示管理，不僅僅和獎金績效掛鉤而且要進行科室排名對比。
針對病歷質控，醫院會在周會、月度會議以及季度會議上對待改進病歷進行全院點評，即會點評到病歷內容也會直接點評到醫生個人的醫療工作。在點評的同時，醫院也會將檢查結果在全院進行公示，并且作為網絡課堂的培訓內容反饋給學員們，提醒大家注意。
在實施嚴格的安全事件個案管理時，醫院建立了嚴格的臨床專家評估制度，進行事件發生要因分析、事件主體的責任認定。與此同時，醫院每年進行兩次全院規模的不良事件警示培訓，通過專家講評身邊案例讓大家銘記傷痛，避免再錯，從而提升個體，提升團隊，提高醫院整體的醫療管理水平。
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