由于小微企業組織架構、財會隊伍素質等特點，以及所使用的《小企業會計準則》已與我國稅收法規有較大程度協調，因此，小微企業稅務籌劃應更多地關注日常管理及核算。
近年來，國家出臺了一系列專門扶持小微企業發展的稅收優惠政策。如何用好用足相關政策，是小微企業需要研究的重要課題。
這些常見的稅收優惠政策，如小微企業從事農、林、牧、漁業項目所得，可按國家規定免征、減征企業所得稅；從事技術轉讓、技術開發業務和與之相關的技 術咨 詢、技術服務業務取得的收入，免征營業稅；2014年9月30日前，家政服務小微企業由員工制家政服務員提供的家政服務取得的收入，免征營業稅。
此外，國家規定對于提供國際運輸勞務的小微企業免征營業稅。對于符合條件的節能服務型小微企業實施合同能源管理項目取得的營業稅應稅收入，暫免征營業稅。
小微企業按照《小企業會計準則》進行會計政策選擇時，應把握稅收法規的特定條款。
如國家稅務總局《關于企業所得稅應納稅所得額若干稅務處理問題的公告》第八條明確：“根據《企業所得稅法》第二十一條規定，對企業依據財務會計制度 規 定，并實際在財務會計處理上已確認的支出，凡沒有超過《企業所得稅法》和有關稅收法規規定的稅前扣除范圍和標準的，可按企業實際會計處理確認的支出，在企業所得稅前扣除，計算其應納稅所得額。”
由此，小微企業計算應納稅所得額時，對《小企業會計準則》與稅收法律、行政法規的規定不一致 的，應依照后者的規定計算。小微企業按照《小企業會計準則》要求確認的支出，若未超過稅收法規規定的標準和范圍（如折舊年限的選擇），為便于稅收征管，應 按照《小企業會計準則》上確認的支出，在稅務處理時不再進行調整。按照這一征管原則，小微企業進行會計政策選擇時，應盡可能選用稅收法規允許的最高費用扣 除標準（如最短折舊年限）。
小微企業會計人員要按照《小企業會計準則》的要求，規范會計核算行為。
首先，小微企業只有規范會計核算，才能符合查賬征收要求，就可避免核定征收情況下由于盈利水平較差甚至虧本也要繳納企業所得稅的不公平現象。
其次，會計核算不規范會給小微企業造成損失。如稅收法規規定小微企業的技術開發費符合條件可以加計扣除，但在會計核算中，如果會計人員對技術研發場地和設備的折舊不單獨核算，就會造成沒有用足政策而在加計扣除時少了金額最大的項目。
此外，稅收法規中很多規定都依賴于規范的會計核算信息。如《企業所得稅法》規定，用于公益事業的捐贈支出，在年度利潤總額12％以內的部分，準予在 計算 應納稅所得額時扣除。“年度利潤總額”是指小微企業依照《小企業會計準則》的規定計算的大于零的數額。如果會計核算不規范，“年度利潤總額”將無據可循。
我國稅務機關實施“以票控稅”，小微企業所有支出都要取得合法憑證，否則不能稅前列支。
比如，一些小微企業因內部管理不規范，經辦人認為購物不要發票價格會便宜，卻不知沒有取得合法稅務發票可能付出高昂代價，如購買10000元辦公用品，不要發票付9500元，開發票付10000元，其結果是少付500元，企業所得稅多繳2500元。
又如，對于通過公益性社會團體發生的公益性捐贈支出，小微企業須取得省級以上（含省級）財政部門印制并加蓋接受捐贈單位印章的公益性捐贈票據，或加蓋接受捐贈單位印章的《非稅收入一般繳款書》收據聯，方可按規定進行稅前扣除。
此外，小微企業的運輸費用按7％的扣除率計算進項稅額。準予計算進項稅額扣除的貨運發票，其涉及項目的填寫必須齊全，與購貨發票上所列有關項目必須相符，否則不予抵扣。準予抵扣的運費結算單據，是指運輸單位開具的套印全國統一發票監制章的貨票。貨運發票應分別注明運費和雜費，對未分別注明而合并注明為運雜費的不予抵扣。
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