組織結構設計講求平衡原則，即內部平衡、組織與環境平衡及動態平衡。

內部平衡講求組織與個體、內部部門之間權責、正式組織與非正式組織之間的平衡。組織與個體的平衡要求組織提供給個人的用來滿足個人需求、影響個人動機的誘因必須等于或大于個人對組織的貢獻。內部部門之間權責的平衡要求各部門之間有相互協作又有相互監督，授權的大小合適，適可而止。正式組織與非正式組織之間的平衡要求正式的約束和非正式的規則同時存在，同時制約組織和個人。

組織與環境的平衡講求組織設計要適應環境，而不是環境滿足企業，企業在環境系統中承擔必要的職能。企業面臨各種環境，需要進行環境分析，分析企業優劣勢及機會與威脅，確定企業戰略，從而進行組織結構的設計。

動態平衡的理論基礎是權變理論。權變組織理論認為沒有一成不變的組織設計，不同組織或組織發展的不同階段有不同的組織結構。企業內外部所有因素都處在變化中，組織平衡不是一次性的，企業本身存在打破平衡的力量，所以，企業的生存發展就是不斷打破原有平衡，不斷建立新的平衡。

組織結構設計的非平衡是動態平衡引申的另一種說法。在學習海爾組織結構的變遷時，看到張瑞敏說過“有序的非平衡結構”：“整個組織結構的變化緣自我們組織創新的觀點，就是企業要建立一個有序的非平衡結構。一個企業如果是有序的平衡結構，這個企業就是穩定的結構，是沒有活力的。但如果一個企業是無序的非平衡，肯定就是混亂的。我們在建立一個新的平衡時就要打破原來的平衡，在非平衡時再建立一個平衡。就像人的衣服一樣，人長大了服裝就要改，如果不改肯定要束縛這個人的成長。”

總之，組織結構設計就是在不斷尋求平衡的過程，這個平衡點隨著內外部環境變化而變化的，在不同的時期組織結構設計所要求的目的也不一定相同，需要企業家充分考慮人性、環境等一系列的因素，在混沌環境中撥云見日找到平衡點，合理設計組織結構，保持組織健康，實現組織績效。