一切眾生，每一個起心動念，或是語言行為，都會造成一個業種，這種子在未受報前都藏在阿賴耶識中，所以此識有能藏的含義。前七識的作用是能熏能緣，第八識是前七識所熏所緣，所以有所藏義。第七識恒定執此識中的見分為我，而為它所愛，所以有我愛執藏義。
　　佛教“八識”理論，是最高、最徹底的宇宙、人生真相的學說，揭示了一切生命“生、老、病、死”的真相。
　　另外，對于疾病的載體——人體，不同的醫學理論也有不同的看法。
　　中醫理論認為，人體是由三寶：“精、氣、神”構成，這“三寶”充足、和諧、平衡，人體就健康，否則就生病。
　　西醫理論認為，“人是機器”，人在本質上與山河大地等外在物質沒有本質區別，只是比較復雜一點而已，只是一部復雜的機器，本質上還是機器，不承認“精、氣、神”等學說，更不承認佛教的“八識”理論。
　　佛教理論認為，“三界唯心，萬法唯識”，人體是自己“心識”在六道中的“應報身”，人體是“身、心、靈”三位一體的存在。這里的“靈”即“心”，不同于中醫理論“精、氣、神”所說的“神”，更不同于西醫理論的“心理”。
　　佛教的因果律，深刻、徹底地揭示了疾病的原因：人心的三毒：“貪、嗔、癡”。
　　佛教“三界唯心，萬法唯識”的博大精深理論，打造了佛醫理論的精髓——病由心生，病從心滅。
　　佛教是生死解脫的學說，是最徹底的生命理論，佛醫的目標，是拯救眾生超越三界、解脫生死，這是中醫、西醫無法做到的。
　　二、佛醫是最智慧的醫學
　　1、身、心并治，以治心為內在目標，以治身為外在目標，這是佛醫的最基本特征。無論是中醫，還是西醫，基本上都只治療身體，很少有“心”的成分。中醫、西醫的目標都是治療身體疾病，而佛醫則不僅要治療疾病，更注重的是消除疾病的根源：業力、業障。
　　2、“內學”特征，這一點與中醫類似，與西醫的“外學”完全不同。“內學”就是向身心內部求索、研究的學問，“外學”就是向身心外部求索、研究的學問。由于“內學”的方法，中醫形成了“精、氣、神”理論，佛醫形成了“身、心、靈”理論，而西醫則是病菌、病毒學理論，物理、化學、生物等理論。
　　3、整體生命觀。中醫和佛醫，都是把人體看成一個整體，是一個系統觀念，而西醫則是分門別類，分科分目，局部、片面地去分析人體的疾病規律。
　　4、自愈理論。西醫基本忽略或不承認人體自身的自我醫治功能，認為疾病靠外在的**直接醫治，治療的重點是殺毒、殺菌；中醫和佛醫都認為，疾病可以依靠人體自身的愈合功能治好，**和其它手段只是激活、激勵自身的愈合能力。佛醫和中醫的不同還在于使用“心藥”——慈悲與智慧，可以不用外在的**。
　　5、自我治療。佛醫的一個顯著特點是可以不需要外在的醫生，外在的**，自我治療，自我康復，這和中醫、西醫是完全不同的。
　　6、佛力加持。當誠心懺悔業障，誦經念咒時，可以感應道交，獲得法界力量的支持，得到諸佛菩薩的加持、感應，從而消除業障、離苦得樂。
　　三、佛醫是最完整的醫學
　　西醫的最大特點是“臨床醫學”，都是研究睡在床上的病人，而對于“預防醫學、康復醫學”，并沒有表現出突出優點。而佛醫是非常完整的，既是“預防醫學”，又是“臨床醫學、康復醫學”，佛醫最強調的是“預防醫學”。佛門有言：“菩薩畏因，凡夫畏果”，佛菩薩所做的就是防微杜漸，在“因”上下工夫，告訴眾生因果的道理，讓人戒惡從善，離苦得樂，往往在“因”上就把病排除了，就防止了疾病的開花結果，釀成苦果。這方面，佛醫比中醫、西醫做得最徹底、最完整。
　　四、佛醫是最上等的醫學
　　中國有“上醫治未病”的說法，早在1500年前，藥圣孫思邈在其《千金要方》中提出了“上醫醫未病之病，中醫醫欲病之病，下醫醫已病之病”，這一論述充分強調了預防醫學的重要性。佛醫“治未病”的理論比中醫完善、徹底，和西醫相比，更是顯得無比優越，所以，佛醫是“上醫”、“大醫”。
　　歷史上有一個公案，秦國有一位神醫，名叫扁鵲，他不需要把脈，只是看看你的神情，馬上就知道你的病。扁鵲有一次為齊桓侯（桓公午）看病，他對桓侯說：“你現在有病了，應該要吃藥?！被负钪v：“我那里有病，我身體很健康，身強力壯的，那里有病？”再過一段時間，這扁鵲一看，這病愈來愈深了，扁鵲就跟桓侯說：“你的病以前是在皮膚上面，現在是到皮膚里面、血管里面去了，要趕快醫治喔！”桓侯說：“我那里有??？我沒有病?！痹龠^一段時間，桓侯知道自己病重的時候，去找扁鵲，扁鵲已經不在了，桓侯就病死了。
　　原文如下：
　　史記卷一百五：扁鵲過齊，齊桓侯客之。入朝見，曰：“君有疾在腠理，不治將深?！被负钤唬骸肮讶藷o疾?！北怡o出，桓侯謂左右曰：“醫之好利也，欲以不疾者為功?！焙笪迦眨怡o復見，曰：“君有疾在血脈，不治恐深。”桓侯曰：“寡人無疾?！北怡o出，桓侯不悅。后五日，扁鵲復見，曰：“君有疾在腸胃閑，不治將深?！被负畈粦?。扁鵲出，桓侯不悅。后五日，扁鵲復見，望見桓侯而退走?；负钍谷藛柶涔省１怡o曰：“疾之居腠理也，湯熨之所及也；在血脈，針石之所及也；其在腸胃，酒醪之所及也；其在骨髓，雖司命無柰之何。今在骨髓，臣是以無請也?！焙笪迦?，桓侯體病，使人召扁鵲，扁鵲已逃去?；负钏焖?。
　　這個案例說明“上醫”的重要性。
　　五、佛醫是最廣義的醫學
　　中國傳統文化中，還有“大醫治國、中醫治人、小醫治病”的說法，按這個說法，佛醫則是“大醫”，佛陀是“大醫王”，佛陀醫治的不僅僅是人體疾病本身，還醫治社會、人心，帶領眾生脫離生死苦海，是很廣義的醫學，不是像西醫那樣，是很狹義的醫學理論。
　　佛醫的最終目標，還不是象中醫、西醫只是治療身體的疾病，而是解脫生死，超越三界。