我國中小企業的內部控制意識薄弱主要體現在以下兩個方面：一是管理層沒有站在公司戰略的高度去審視內部控制對于一個企業生存發展起到的重要作用。我國中小企業產權結構簡單，公司發展大多建立在管理者對于市場的主觀判斷上，致使企業在經營中片面注重銷售業績，忽視了管理過程中內部控制產生的價值。二是中小企業風險觀念淡薄。我國市場化進程及中小企業的發展歷程相對較短，中小企業在經營過程中雖然都設立了各方面的經營目標，但是缺少對與經營目標對應的風險進行評估與應對，也就缺少了從內部控制角度出發對于風險的管理。
首先，中小企業沒有建立現代企業制度，缺乏執行有效的內部控制的基礎。產權清晰、權責明確的組織結構是企業實行內部控制的組織環境。以“作坊式企業”為例，這一類企業生產規模較小，實施不相容職責相分離原則下的崗位設置基本上無從談起。例如：企業內部的會計、出納等內容由一人包辦，多項重要管理流程缺乏應有的牽制，很容易滋生各類舞弊行為。另外以“家族企業”為例，企業的經營管理決策基本上實行“一言堂”，主觀性、隨意性較大，企業的內控即使存在，對象也主要是家族外的工作人員，對于家族內部人員缺乏相應的職責約束。因此內部控制的職能嚴重弱化，不能正確評價財務部門和各級管理部門績效，整個公司缺乏健全的制度進行約束。
其次內部控制制度設計缺乏系統性。我國中小企業在實行內部控制過程中，較多的還停留在查錯防弊的初級階段，更有將內部控制片面的理解為預算控制、質量控制等各種管理、業務流程的控制上，沒有將內部控制滲透到經營管理的方方面面，缺乏系統性和整體性。并且在制度內容的設計上也大多生搬硬套，缺乏對于自身企業及業務流程的針對性。
相對于內部控制的設計與執行，內部控制的監督與評價更加缺乏實施基礎。一方面，在企業內部監督與評價上，由于我國許多中小企業都沒有經濟實力去組建獨立的內部審計部門，企業內控的監督一般都是由管理層或者由財務部負責的，因此管理人員不具備相應的獨立性、良好的職業操守望和專業勝任能力；另一方面，在企業的外部審計監督與評價上，雖然國家近年來不斷修訂相關的企業內控規范，但外部審計事務所對于企業內部控制審計仍然流于表面形式，僅為了應付政府相關部門的檢查對財務報表進行審計，因此企業內控的外部監督與評價也難以發揮作用。
在經濟不斷發展和經營日益復雜化的現代企業中，內控制度是否健全有效，已經成為企業能否提高經營效率和效果，促進企業實現發展戰略，保持可持續發展的重要因素之一，因此企業的各級管理層在日常的工作中要積極解放思想、更新觀念，盡早的走出內控影響經營效率的思想誤區，充分認識運行有效的內部控制給企業帶來的巨大價值。基于這種思想觀念，在企業實施內部控制上要堅持以下原則：一是全面性與重要性原則的結合。企業的內部控制應當是面向企業經營管理整個過程的全員性控制，在此基礎上以風險為導向，關注重要業務與高風險領域，確保內部控制不存在重大缺陷。二是制衡性原則，建立健全現代企業管理制度，從制度上確立崗位職責，保證內部控制的實施環境；三是成本效益原則，以適當的成本發揮內部控制在防止貪腐、減少浪費、提高效率上的巨大優勢；四是適用性原則，企業在內部控制的設計、執行、監督等方面，要注重結合企業自身的經營特點，切勿使內部控制流于形式。
面臨越發激烈的市場競爭，我國中小企業都存在著較大的經營風險：宏觀環境面臨政策法規調整、經濟總體形勢變化、利率匯率波動等較多不確定因素，微觀環境面臨交易對手信用缺失、籌資困難、經營范圍單一、原材料供給等風險。因此，強化風險意識，建立完善的風險評估與應對體系，是企業發展內外部環境共同決定的結果。
我國中小企業的內部控制主要包括企業層面的控制和業務層面的控制兩個方面。在企業層面的控制上主要包括組織架構控制、發展戰略控制、人力資源控制、社會責任控制、企業文化控制；業務層面控制上主要包括資金活動控制、采購業務控制、銷售業務控制、資產管理控制、研究與開發控制、工程項目控制、擔保業務控制、業務外包控制、全面預算控制、財務報告控制、信息系統控制等企業各個經營層面的活動。
企業層面的控制應當按照科學、精簡、高效、透明、制衡的原則，綜合考慮企業性質、發展戰略、企業文化等因素，合理設置內部職能機構，明確各機構的職責權限，避免職能交叉、缺失或權責過于集中，形成各司其職、相互制約、相互協調的工作機制。
業務層面的控制主要通過全面預算制度和全面質量管理，對于產品從研發、采購、生產、銷售再到售后的整個業務過程中每個環節、每個人員產生的成本與工作質量實施全面的管控，并將成本控制與工作質量和每個崗位人員的薪酬相掛鉤，從而建立起人人節約成本，環環嚴控質量的企業文化氛圍。在資產和資金管理上建立不相容職位相互分離制度，對各機構的職能進行科學合理的分解，確定具體崗位名稱、職責，明確各崗位的權限和相互關系；建立健全財務管理制度，企業應當分析經營活動、投資活動、籌資活動現金流的運轉情況，重點關注現金流能否保證生產經營過程的正常運行，防止現金短缺或閑置，提高資金的使用效率；合理利用計算機和通信技術，對企業生產經營管理業務流程、關鍵控制點進行集成、轉化和提升，實現手工環境下難以實現的控制功能，提高管理效率。
中小企業的內部監督與評價主要通過內部審計部門完成，因此加強企業內控的監督首先就需要設立獨立的內部審計部門，充分吸收優秀的審計人員為內部監督體系提供保障。再者就是全面加強內部審計部門的獨立性，最理想的情形是內部審計部門直接向治理層匯報工作，從而充分的發揮內部審計在保障內部控制有效運行中的巨大作用。
同時企業還應當建立健全的內部監督規章制度，將監督的權責分解到每一個審計人員的工作崗位中，在充分解讀國家規定會計制度基礎上，結合企業的自身情況，建立起一套包含核算對象、要素、程序、方法的系統化的核算制度。另外企業要借助外部審計定期對內部控制運行整體有效性實施評價，以保證企業內部控制的有效運行。
隨著當代商業環境的經濟全球化，我國的企業在面臨廣闊的發展空間和巨大的商業機會的同時，也面臨著更加激烈的競爭環境，中小企業應該結合自身的特點，充分利用內部控制理論建立起一個行之有效的內控體系。
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