自然辟谷養生的原理，如果把人的肝臟看成是一個生化工廠，既是消化器官，也是解毒器官，正常人進食后，無論有毒無毒的成人，都要肝臟分解或化合處理后才能進入人體血液，辟谷由于進食很少，肝臟負擔變輕，會回過頭來清除血液里的毒素，使毒素深度降低，同時合成有益于身體免疫的活性物質。例如，辟谷后，血液中高密度指蛋白會升高，高密度脂蛋白能降低血脂，修復血管硬化，逆轉冠心病、高血壓。

自然辟谷養生還具有更深的一層意義，它不是純粹的挨餓，而是具備了練功而帶來的特殊效果。中國辟谷理論認為每個人的身體都有一套飲食系統和食氣系統。飲食系統就是我們日常一直在用的，比如說整個的消化系統；而自然辟谷是用一套方法，關閉飲食系統系統（同時使胃酸停止分泌），開啟食氣系統。在這個狀態下，大腦始終處在一種全新的功能態，體能和潛力得到了充分的調節和發揮，身體方面的負荷得到減輕，元神得到最充分的運用和發揮，腦細胞的功用充分得到調動，因此，人與自然宇宙溝通活躍，外界的多種信息源源不斷地輸入大腦，此即“天人合一”。因此，人在這個狀態下，即使好幾天不進食，也不會感到饑餓，體力和精神狀態反而會加強。這些表現在肢體靈活、雙目有神、頭腦清晰、思維敏捷，記憶力增強、理解力增強、意志力和忍耐力也大大加強，極易啟發和誘發人體種種潛能。