目標管理的優點很明顯，當企業目標清晰之后，企業內部的責權利也隨之清晰，考核和激勵也相對容易很多。相信實踐過目標管理的企業，對此會有深刻的體會。
目標管理有缺點嗎，當然有，而且不小。對目標管理最大的詬病，是說實施目標管理的企業，很容易陷入績效主義的泥潭，公司上下唯績效是圖，沒人顧及企業的長遠利益，更別說種種非物質利益了。這種情況確實存在，但是平心而論，唯績效是圖和目標管理沒有必然聯系。最多只能說，這個企業制定的目標不合理。
企業多個目標之間有可能存在沖突，比如，讓北京辦公室的員工午餐吃得滿意，每人每天午餐補助不超過5元，這兩個目標很難同時達到。前一個目標也許屬于人力資源部門，后一個目標考核的可能是財務部門。人力資源部門達到了績效，財務部門就過不了關。目標沖突，看似無解，其實好辦。因為問題很清晰，需要調整的只能是目標本身。用另外一個更宏大的目標來包容兩者，把看似尖銳對立的敵我矛盾，轉化為春風拂面的內部矛盾，問題就容易解決了。比如，公司高層出面調節，將午餐補助調整到50元，問題也就不存在了。
目標管理最大的問題，在于企業很多問題難以制定出明確的目標。繞口一點說，能用目標界定的問題，能用績效手段解決的問題，都不是根本性的難題；而那些不能用目標界定的問題，才是企業的大問題。這種問題有很多。比如企業的戰略方向，特別是企業決策層預感到了危險，需要放棄一些當前利益，冒著風險轉向未知行業的時候，如果非要有明確的績效，轉型基本上就不可能。還有企業內部之間的合作，往往不容易用績效來考核，至于用戶滿意度、員工滿意度、團隊建設等等涉及到人性的一些工作，基本都制定不出有效的目標。當然，那種通過電話回訪騷擾用戶的滿意度調查，不在此處考慮之列。
德魯克其實也意識到了目標管理可能存在的問題，德魯克認為對于績效，不應該實打實去要求，百分之百地滿足，那是馬戲團的表演，不符合企業的實際情況。德魯克說：
若想要組織健康發展，第一個條件就是要有嚴格的績效要求。實際上，之所以組織應該推行“目標管理”，應該注重任務的目標需求，其最主要的原因之一，便在于促使每一位管理者都能自行為自己設定高的績效標準。為了實現這個目的，必須先對所謂績效有一正確的了解。所謂績效，并不是要求“百發百中”，而是應該以一種持之以恒的能力，是一種在相對較長的時間內就所分配到的各項工作均能產出成果的能力。在績效要求中，錯誤在所難免，失敗也不可能完全沒有。績效的要求固然必須反映當事人的實力，也同時必須反映出當事人的局限性。
按照個人的理解，德魯克在這里抓住了“目標管理”這條大魚，放過了“績效考核”這尾小蝦。或者說，殘缺的目標管理只有兩段：目標、績效。而完整的目標管理三段俱全：目標、過程、績效。
對于容易量化的目標，有了目標和績效，基本就能全面掌控。對于從目標開始，到達成績效之間的過程，沒有必要給與過多關注。
對于不容易量化的目標，是否達成績效不容易判斷，那么關注的重點，就只能是目標和績效之間的過程。用戶滿意度高嗎，肯定不高，你看看銷售量，比蘋果iPad差遠了。這個時候，一種做法是絞盡腦汁制定用戶滿意度指標，另外一種是先放下具體的考核指標，明確但不能量化地知道，我們產品的用戶滿意度不高，需要持續不斷地改進。提升滿意度，從目標管理的角度，這是一個不太好的、有點含糊的目標，但是確實是很多企業全力追求的實際目標。不能說此目標有錯，但是此時關注的，就不宜是隨便量化出來的某個具體考核指標，而應該是過程本身，是提升用戶滿意度的、持續不懈的努力過程。如果非要關注不切實際的指標，不僅起不到績效考核的正面激勵作用，反而會傷害員工的積極性，完全違背了目標管理本來的目標。
目標管理有三段，一般重點在兩端，績效不清抓中段。
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