民營企業制度體系的缺失主要體現在產權制度與管理制度兩方面。
在企業發展到一定規模后，民營企業的產權問題可以通過國家制定相關的宏觀政策進行緩解，也可逐步向現代企業制度轉化。但企業的管理同題則較突出，因為這需要企業采取科學合理的方法，根據自己的實際運營情況構建適合的管理制度體系。
目前民營企業的管理制度體系主要存在以下問題:
(1)有一定的制度規范，但整體卻不成體系。隨著民營企業規模的擴大，已逐步形成以職能制為主的組織體系。各職能部門都有各種規章制度、行為規范，但缺乏足夠的橫向聯系和溝通，相互之間存在沖突或有空缺，其根本原因是因為沒有成為完整的體系，沒有從全公司的角度出發考慮部門間的連接問題。
(2)部門間職責不清，權責不明等。由于企業各部門間缺乏足夠的橫向溝通，同時由于組織結構的問題，導致各部門職責不清，有事沒人做，有責任沒人負，因而工作效率不高;同時，由于職責不清也會導致各種混亂，如多頭領導、政出多門，讓下屬無所適從。其根本原因除了組織結構的問題外，部門職貴不規范、執行不嚴格也是非常重要的因素。
(3)制度規范可操作性不強。企業的各制度規范雖已逐步建立，但仍有一部分還是不夠細化、不夠合理，導致在具體業務流程中體現出可操作性不夠強。存在這些問題的原因除因家族式企業帶來的固有缺陷外，更主要的原因是民營企業現有的管理制度都是隨不同的發展需要(階段)而制定，缺乏全面系統的總體考慮。同時，民營企業管理制度體系建立在陳舊的職能式組織體系基礎上，缺乏運用現代管理理論和方法構建現代企業管理體制思維和基礎。
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