矩陣結構，可以說是目前創造的企業管理結構形式中最為復雜雜的結構。其根本原因在于：
1、組織系統的復雜化程度會隨著組成因素的數量、種類、各因素之間的聯系以及變化的增加而增加。而矩陣型結構會造成組成企業結構的因素的數量、種類以及相互之間的聯系的增加。
2、人類從本質上來說是部落動物。要證明這一點，我們只需要去球場看一場足球比賽，人的這一部落天性便彰顯無遺了。我們忠于自己的球隊，就會戲落別的球隊，就不希望別的球隊的球迷說自己的球隊不好。嚴重的時候，還會把可樂瓶砸過去。
2014年10月1日，上海虹口體育場，上海和江蘇的那場足球比賽，爆出的蘇北狗事件，已經為我們提供了最充足的證據。
3、等級劃分也是根植于我們本性之中的，我們習慣于倚靠上級權威為我們指明方向。
因而，如果矩陣型組織結構使用不當，便會出現以下三方面的問題：
1、使人的忠誠度打折。在矩陣型企業中，經常出現成員們同時屬于兩個以上部落或等級的情況，因而對于某一部落的忠誠度會大打折扣。
2、不知道我的人生誰做主。在矩陣企業中，控制大權不再由某一部落一手掌握，而是至少同時被兩個部落分管。因此，人們對自己決策和行動的主導權就不比從前了。
3、模棱兩可。人們比較喜歡或擅長在規則明確的環境里工作。但是，在矩陣型企業結構中，職責的分配則不是十分明確；掌權的究竟是哪個部門？我究竟屬于哪個等級？這些模糊不清的規矩常常讓人無所適從，從而削減了員工的工作熱情，有時甚至還將人們的陰暗面暴露無遺。
但在企業的經營管理中，跟隨著社會節奏的加快和經營環境的不斷變化，我們從事的項目也會越來越多。因而，許多時候，我們又不得不主動地選擇矩陣型組織結構。因為，矩陣型組織結構，就是針對項目需要而發明的結構。因而，當我們逼不得已選擇矩陣結構時，請大家注意簡化矩陣型結構。方法是：
1、盡量減少矩陣型結構中各因素的聯系。矩陣型企業中經常會有扮演兩三個角色的管理者。也就是說，這些人在矩陣型結構中承擔的責任太大了。一位管理者應該遵循明確的框架，聽從所屬職能或部門的一位上司的指令，如果這位管理者必須聽命于其他領導，最多只能增加一位，不可增加多位。
2、不要讓矩陣型結構在企業中滲透得太深。企業中的高級管理者具有在矩陣型結構中收放自如的經驗和能力。但年輕的后輩們則不具備駕馭這種結構的領導力和社交技巧。因而，除了企業的頭3個等級，可以實行矩陣型結構外，不建議讓矩陣型結構在企業中滲透得太深。滲透太深了，處在較為低層的位置上的管理者，或較為年輕的管理者，對于矩陣型結構中的關系不容易看清，那么，就會增加管理的難度和壓力。
3、在矩陣型結構中制定決策需要掌握的一些技巧。
1）每制定一個矩陣型決策，你都應該先劃定好誰負責、誰批準、咨詢誰以及告知誰的問題。把所有細節理順。
2）在錯綜復雜的矩陣結構中，必須有一個人專門負責總體把握。應明確將大權交由一個人掌管，如果這個人與決策沒有直接關系，那么你就得制定出一個清晰的程序，讓決策中產生的沖突能夠一級級地傳達給總決策人。
3）在矩陣型結構中制定決策，還應盡量將公司各個部門的具體流程標準化。這樣的好處是：即便人員在企業中四處活動，矩陣型決策在企業各部門的流程卻一直保持不變，這樣一來，人們就會很快掌握矩陣型結構中的工作程序。
4）將目標和措施相契合。如果一位管理者極力追求高銷量，而在矩陣中與其對應的另一位管理者追求的卻是利潤率，那么，肯定是不行的。也就是說，如果管理者的目標各不相同甚至截然相反，那么，肯定只有矛盾、對峙和舉棋不定。
除此以外，我們還得培養員工掌握矩陣型結構中的優秀工作方式。具體是：
1）顧及整個企業的視角。
2）積極聆聽。
3）不要為孰是孰非而爭論，做正確的事就對了。
4）集中思考的力量大。
5）適時而坦誠的交流。
如果做到了以上這些，那么，朋友們，你們就放心大膽地使用你的矩陣型結構。相信這樣的矩陣型結構，能為你的項目成功發揮巨大的作用。
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