1898年美西戰爭結束時，以東經118度劃界，以東為菲律賓領海。黃巖島的位置約為117°48’，所以在法理上不屬于菲律賓的國土。1947年11月，中國政府根據《開羅宣言》和《波茨坦公告》收復西沙和南沙群島主權之后，對南海諸島及海上疆界線進行重新修正。黃巖島曾一度稱為“民主礁”，國際上稱之為“斯卡巴洛礁”，當時明確劃在“斷續國界線”中國疆界內。
黃巖島是中國南海中沙群島中唯一露出水面的島嶼，地處中沙群島東南160海里，距離西沙群島330海里，北距廣州600海里，距香港、汕頭、高雄及越南峴港400海里，距菲律賓蘇比克灣海軍基地126海里，位于南海交通要道上。
黃巖島不是一個點，而是一片方圓十來公里的區域。其中大部分為礁，只有百十來塊在漲潮時也能露出水面的島石，少數幾塊大個兒的十來平方米，小者如同倒扣的臉盆。黃巖島四周為距水面0.5米到3米之間的環形礁盤，礁盤周緣長55公里，其內部形成一個面積為130平方公里、水深為10-20米的瀉湖。瀉湖東南端有一個寬400米的通道與外海相連，這條水道水深9-11米，寬360-400米，中型漁船和小型艦艇可由此進入，從事漁業活動或者避風。
黃巖島發育在3500米深的海盆上，是深海平原上的一座巨大的海底山峰露出水面的部分。站在島上環顧四周，礁盤許多地方水深僅一、兩米，好象是個淺灘。環礁四周有星羅棋布的礁塊露出，礁塊表面大小一般為1—4平方米。以北、南兩端的礁塊最為密集，北端者稱為北巖，南端者稱為南巖。南巖是在礁盤上露出海面的巨大的礁石之一，形似大石柱，上部面積約3平方米，海拔1.8米。 如果從海里看，黃巖島卻是一座陡峭的高山。只要離開礁盤十公里，就是3000米的深海。從地質構造上看，黃巖島是中國大陸架的自然延伸。黃巖島以東有幽深的馬尼拉海溝，海溝最深處水深5377米，是南中國海水深最深的地區之一，馬尼拉海溝是中國中沙群島與菲律賓群島的自然地理分界。


黃巖島是中國的固有領土




自古以來，黃巖島就是我國領土的一部分。黃巖島的領土主權屬于中華人民共和國，行政管轄屬于中國海南省西南中沙群島辦事處。
1279年，元世祖忽必烈派天文學家郭守敬進行“四海測驗”，郭守敬在南海的測量點就是黃巖島。黃巖島海域是中國海南漁民的傳統漁場，中國漁船一直進入瀉湖及周圍海域進行漁業活動。 
1935年1月，中國水陸地圖審查委員會將黃巖島（當時稱“斯卡巴洛礁”）列入中國版圖。1947年底，中國內政部正式編制出版的《南海諸島位置圖》將黃巖島（當時稱“民主礁”）劃在“斷續國界線”內。該線是具有法律效力的歷史性界線，中國對線內的島、礁、灘、沙洲擁有主權。1983年，中國地名委員會受權公布的《我國南海諸島部分標準地名》將黃巖島定為標準名稱。 
依據1898年的《巴黎協議》、1900年的《華盛頓協議》、1930年的《英美條約》，東經118°線為菲律賓領土的西部邊界，而黃巖島在此之外。1935年頒布的菲律賓《憲法》和1961年的菲律賓《領海基線法》中菲律賓政府均重申了這一界線。1990年以前菲律賓出版的地圖均未將黃巖島列入其領土，國際社會（包括菲律賓）對中國擁有黃巖島主權也從未提出任何異議。20世紀90年代以前，國際社會對中國擁有黃巖島主權從未提出任何異議，不存在對該島的主權之爭。