關于古代陰陽理論的起源，目前還沒有一個完整的、能夠被史學家或易學家共同認可的定論。人們關于陰陽觀的認識，還有待于在爭論中提高。
通常的說法，陰陽觀念一是起源于人們對宇宙形成的認識，太極圖就是最好的例證。這種認識認為，世界萬事萬物都起源于陰陽二氣。這種陰陽二氣在長期的交融化合中經歷了四個階段，即“未見氣”、“氣之初”、“行之始”、“質之成”。最后形成了陰陽兩種狀態，開始發生質變或裂變，一分為二，輕清之氣上浮為天，重濁之物下沉為地，也就是現在的地球。同時存在于地球內部的陰陽二氣開始形成萬物。所以萬物都是由陰陽二氣共同化合而來的。這就好比氫原子和氧原子化合而產生了水。
人體的形成也是如此。人的精子為陽，卵子為陰；吸納的氣為陽，吐出的氣為陰。人就是在陰陽二氣的不斷化合中生存并孕育產生新的生命。人體的形成實際上也存在“未見氣”、“氣之初”、“行之始”、“質之成”四個階段。新生命出生之前，全靠母體內陰陽二氣的化合而成長。一旦母體停止了呼吸，未出生的嬰兒也就停止了生命。《寶命全形論》說：“人生有形，不離陰陽。”《周易集解》講：“陰陽交合物之始，陰陽分離物之終，合則生，離則死。”，也就是說，人體一旦停止了陰陽二氣的化合，人的生命就終止了。所以人們說，人只有一呼一吸兩口氣。
陰陽理論也是我國古代的哲學概念。世界上任何事物都是具有相互對立的兩個方面，這兩個方面既相互依存又相互對立，構成對立統一的關系，而正是這種對立統一的關系，構成了人類、自然和世界。
《黃帝內經》指出：“陰陽者，天地之道，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也。古積陽為天，積陰為地，陰靜陽躁。”這是陰陽學說的總論。我們的祖先就是根據陰陽二氣理論，對人體五臟六腑等器官功能及屬性進行了陰陽劃分，比如六腑（膽、小腸、胃、大腸、膀胱、三焦）為陽，五臟（肝、心、脾、肺、腎）為陰；背部為陽，胸腹部為陰；手背為陽，手心為陰；頭位陽，身為陰等。我們的祖先在此基礎上形成獨特的中醫陰陽平衡學說，通過對人體陰陽的調理，來達到看病、治病和保健養生的目的。由于各種花草樹木都具有陰陽兩種屬性，由此又發現了調理人體陰陽平衡的中草藥。通過長期實踐，人們又發現藥有四氣：寒涼屬陰，溫熱屬陽。藥有五味：辛甘發散為陽，酸苦通泄為陰，咸味通泄為陰，淡味滲泄為陽。藥性有升降沉浮：升孚為陽，沉降為陰。補藥為陽，泄藥為陰。中醫理論還根據人的生命肌體與陰陽的聯系，總結出了許多辯證施治的經驗，比如目病治肝、鼻病治肺、耳病治腎等。
關于陰陽與病理的關系，《黃帝內經素問●陰陽應象大論》說：“陰勝則陽病，陽勝則陰病；陽勝則熱，陰勝則寒；重寒則熱，重熱則寒。……審其陰陽，以別剛柔；陽病治陰，陰病治陽。”所以，中醫診斷第一步就是“察色按脈，先別陰陽”。西方國家許多人至今對我國中醫的望、聞、問、切持懷疑或否定態度，對我國的中草藥治病不理解，主要是對我國中醫的陰陽平衡理論不了解。
陰陽平衡理論可以表現在各個方面，例如人們經常講的“男女搭配，干活不累”，《易經》“三人行，則損一人；一人行，則得其友。”實際上指的就是陰陽平衡問題。
二是起源于古代先民對宇宙中日月的認識，對人類男女兩性的認識，對動物雌雄的認識，對自然現象中高山河流的認識。天象大者莫過于日月，人象大者莫過于男女，地象大者莫過于山川。天、地、人組成了一個盛大的乾坤世界。人們最初的陰陽觀念帶有明顯的直觀表象，后來隨著人們認識的提高，把陰陽這種具體的概念進行擴展，最后形成了高度概括性和抽象性的陰陽學說。凡是能夠認識到的事物和觀察到的現象都具有陰陽兩面性。比如動為陽，靜為陰；活人為陽，死人為陰；合為陽，散為陰；剛為陽，柔為陰；淺為陽，深為陰；日為陽，夜為陰；雄為陽，雌為陰。以接受太陽光的照射為根據，太陽光線照射多的地方為陽，照射少的地方為陰。凡在赤道以北地區生活的，山的南坡為陽，北坡為陰；川的北坡為陽，南坡為陰；古代人勞動，面朝黃土背朝天，背部被太陽照射的多，所以背為陽，胸、腹為陰；樹木的南半部為陽，北半部為陰；大樹喬木為陽，灌木草本植物為陰；熱為陽，冷為陰。八卦中《離》卦代表火，為什么為陰卦？因為火對太陽光具有反射作用，吸納不進太陽光，所以八卦中把代表火的《離》卦確定為陰卦；《坎》卦代表水，為什么確定為陽卦，因為水接受太陽光的照射和吸收最明顯，不僅照射到了水面，而且折射到了深部。后天八卦中的《兌》卦和《乾》卦，在五行中都屬金，金能生水，但從山體內礦物質中流出的水，或者從泉眼中流出的井水，沒有陽光的照射，所以為陰水。陰水是兌金生出的，所以《兌》卦就是陰卦；乾又代表天，天上生成的云，本身就是被太陽光照射蒸發后吸收上去的，所以天上下的雨水就是陽水，《乾》卦也是陽卦。后天八卦中《坤》卦和《艮》卦在五行中屬土，因為坤又代表地球，所以《坤》卦是陰卦。女士戴的手表，為什么不說是女士表，而說成坤表，就是因為女士屬陰，說坤表顯得更加文明一些。《艮》卦代表山，突出于地球的表面，接受陽光照射多，《艮》卦就是陽卦。后天八卦中的《震》卦和《巽》卦，在五行中屬木，《震》代表喬木，高大的樹木，所以《震》為陽卦；《巽》代表灌木花草，所以《巽》為陰卦。了解陰陽學說，不僅對學習《易經》，而且對認識自然現象，解決現實問題都有很大幫助。就地名而言，凡是建筑在河流兩邊的地名，一般不好直接取名的，就用陰陽來表示，建在河北面的就用陽表示，比如一提到洛陽市，你就可以想象到，洛陽市的南邊一定有一條洛河；建在河南面的就用陰表示，比如湯陰縣城就建在湯河的南面。
《國語●周語上》記載，幽王二年，西周三川皆震，伯陽父曰：“陽伏而不能出，陰迫而不能丞，于是有地震。”這就是用陰陽理論來解釋地震。《左傳》記載，襄公二十八年，魯國冬季無冰，占星家梓慎認為這是“陰不堪陽”所至，可能預示來年會發生自然災害，導致饑荒。這說明梓慎也是用陰陽理論來解釋自然現象的。
陰陽理論被廣泛地引入到各個領域。數學中的正數和負數，正值和負值；物理學中的陽粒子和陰粒子，陽電和陰電，陽極和陰極；化學中的陽離子和陰離子。現代科學中的對稱理論實際上也是建立在陰陽理論之上的。根據對稱理論，化學家在尋找新的元素，天體學家在尋找新的星體。就連山里的普通百姓，也在運用對稱理論，到森林里去尋找采摘野生猴頭時（一種食用菌），有經驗的人只要找到一個，就會找到第二個。原因很簡單，假如在這棵樹的東方樹枝上找到了一個，那么就向位于這棵樹東方的另一棵樹上去找，在這棵樹向西延伸的樹枝上面一定會找到另外一個。
早期的陰陽理論基本上是對世界萬事萬物樸素的唯物主義認識。后來陰陽理論又被信奉宗教和鬼神的意識形態所利用，陰陽理論就被披上了迷信的色彩，成了唯心主義的產物。
由此也可以得出一個結論，陰陽學說構成了中國古代人們對宇宙觀認識的一個基本理論，這個理論無論是自然科學還是社會科學，無論是唯物主義者還是唯心主義者，無論是有神論者和還是無神論者都承認并加以運用的核心理論。
《易經》是古代人運用陰陽學說認識世界的一大重要成果。無論是八卦，還是六十四卦，最基本的元素就是陽爻和陰爻。這和化學元素一樣，世界上萬物，無論多么復雜，目前發現的基本元素只有一百一十八個。人的生命如此復雜，但目前的研究成果發現，人的遺傳只有六十四對染色體。
《易經》中最有價值的哲學觀點，一是對立統一規律。也就是說陰陽既是對立的，又是統一的，沒有陰也就沒有陽，沒有陽也就沒有陰。二是變化發展規律。變化是指陰陽之間的互相聯系和互相轉化，陽變則成陰，陰變則成陽；發展是說陰陽不是一成不變的，而是不斷發展的，太極生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦，八卦演變到六十四卦。六十四卦又包含處在不同場合（即各爻所在的卦不同）、不同地位（即從初爻到上爻的位置不同）、不同性質（即有的居正，有的居中）的三百八十四爻。
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