他不但繼承了溫病學派的經驗，還對溫病的產生、傳變、治療形成了自己獨特的認識，為我國中醫溫病學說的發展作出了巨大的貢獻；并將之推廣到治療內科雜病等領域，皆取得了顯著的療效。
濕熱合邪 詳辨兼夾
雖然溫病大都是由外感溫熱淫邪引起，但是孔伯華提出：“夫外感溫熱病者，必先賴于體內之郁熱伏氣而后感之于天地癘氣淫邪而成……是以內因之郁熱伏氣乃外感溫熱病發病之本也。”可見，人們平時不知養護，形成了陰虛內熱之體或伴有濕熱內伏，才是溫病發生的根本原因。
與傳統溫病強調溫邪的認識不同，孔伯華認為除了溫邪，現代人也易感受濕邪，并常常濕熱合邪，共同侵犯人體。他總結多年的臨床經驗，指出：“病人中濕邪兼熱致病者，十常八九，此非所謂溫病中之濕熱證，乃濕熱合邪所致之其他疾病也。”濕熱二邪皆可害人，二邪同時侵犯人體，對人造成的傷害尤其嚴重。
“濕之與熱，一為陰邪，一為陽邪，二者相合，形成濕熱而膠滯，黏膩淹留，稽滯不去，蘊熱纏綿，因而造成病情反復，病程延長，變化多端，于濕溫一病，最為明顯。濕熱合邪，傷人甚廣……治依兩邪而立法，‘熱者清之，濕者化之’，倘只顧治濕，則濕去津傷，內熱愈熾；若只顧治熱，養陰則更助濕濁，黏著而不去，既須兩相并舉，又分孰重孰輕，隨證變通，不可一執。”
濕熱對于人體的侵犯，既有從外侵入的，又有人體內產生的。遇有氣候炎熱、潮濕之時，特別是夏秋季節，濕熱最容易合邪，侵犯人體，如果此時飲食不當，或淋雨或久居于潮濕地帶，再加上酷暑炙烤，人就容易被濕熱所侵。
而一年四季，濕邪會以雨、霧、雪、霜等不同的形式存在，隨時都可能致病。而濕熱內生，則多是由于人們生活不夠節制，如食用生冷食物傷了脾胃，更兼貪圖酒趣，嗜好茶茗，進食時貪多求快，這些都有可能造成濕邪內生，再一遇熱，就變成了濕熱合邪。
但溫病之中，并非每例皆有濕，即使有濕，其中也有兼濕和濕溫的區別。
孔伯華認為：若病為兼濕，除了具有溫病的一般表現外，病人兼有肌體倦怠、身肢煩痛、胸脘痞悶、不思飲食、惡心嘔吐，有時還會有腹脹、大便溏或瀉利等表現。
而濕溫，乃濕之重濁陰邪與溫病之熱邪交并，濕熱合邪之雜氣相感，是最為棘手的一類。本病多發生于夏秋之間，初起先有惡寒，頭身重痛，胸痞苔白；病入氣分，則病人發熱多汗，或者午后體溫增高。且濕溫又常有濕重于熱與熱重于濕的區別，表現亦有不同。
濕重于熱者，病人高熱不退，多汗，但是熱不除，肢體倦怠，口渴但不思飲或想喝熱水，身體沉重，視力模糊，胸痞泛惡，口中黏膩，大便溏薄，苔白膩而滑，脈濡細而緩；熱重于濕者，則病人壯熱不退，口渴多汗，脘腹痞滿，煩悶嘔逆，溺赤便秘，舌苔膩黃，脈息濡數或洪大而長。
由此可見，孔伯華對于辨證的重視與精微，確有獨到之處。
傳變無常 三法論治
對于溫病的傳變，孔伯華總結臨床所見，認為許多溫病不完全按照前人總結的新感溫病發病規律（由表及里、由淺入深，依衛、氣、營、血或循上、中、下三焦順序依次傳變或逆傳心包），而是起病急驟，往往并不顯示或一越而過衛分階段，很快出現壯熱、神昏、斑疹、衄血、驚厥等一系列里熱熾盛甚至熱入營血的表現。
于是，他提出：“葉氏所指營衛氣血，乃是說明外感溫病輕重時期之不同，病勢深淺之不同，其意并非病邪真入營、入衛、入氣、入血也，要在示人以辨明表、里、淺、深及治療緩、急、先、后之門徑耳。”吳鞠通的三焦論治，“其所指之上焦溫病、中焦溫病、下焦溫病者，亦不過是說明溫病之輕重深淺而已，非病邪果真嚴格據于上焦、中焦、下焦也”。而病情變化多端，時有出人意料的發展，因此，孔伯華告誡從醫者，辨證之時必須“靈活著眼，參機應變，勿拘執耳”。
孔伯華從臨床中總結形成了“郁熱伏氣”是溫疴之病根源的觀點。提出了“郁熱伏氣輕”、“郁熱伏氣盛”和“邪為濕固”三類證治方法。
“郁熱伏氣輕者，則溫邪上受，首先犯肺，此時病邪在表，投以辛涼解表之輕劑即可迎刃而解。若郁熱伏氣盛，或初感解之未當，及誤治誤補使邪內陷者，即可逆傳心包，此時病已入里，投以辛涼祛邪之重劑即可效如桴鼓。若邪為濕固，熱深厥亦深者，臨床中反見陰象，此熱極似寒之假寒者，倘辨證不清，誤用熱藥，必使立斃。然則只設涼化寒凝之品，不唯溫熱不得解，反使邪愈加閉固，輕者廢，重則不治，此時必施以辛涼清熱、滲化濕邪之法，佐以芳香辛散之味，以攘開其濕邪外圍，不使濕熱相搏而直搗其巢穴，則固邪易解，熱退厥除，病克瘥。”
治四時伏邪 用藥考究
溫邪初襲者，他常以桑葉、薄荷、地骨皮、金銀花、鮮蘆根等辛涼解表，其中薄荷配伍地骨皮退熱之效甚佳，辛散同時又兼益陰退熱，且無斂邪之患；在辛涼解表的同時，尤重清熱，往往在溫病初期即投生石膏、黃芩、梔子、黃連、龍膽草、蓮子心、紫雪丹等重劑清滌里熱之藥。
感受暑濕者，以滑石、通草、西瓜翠衣以淡滲；藿香、佩蘭、荷葉以芳透；兼有痰熱者，佐竹茹、瓜蔞以清化；無汗惡寒身痛者，加蘇葉辛溫散表，甚者佐蘇合香丸以辛通芳開。陽明腑實者，加酒軍、玄明粉以通腑泄熱。熱傷陰液者，常配伍鮮生地、鮮石斛護衛腎陰胃液。
熱邪入于陰分，日晡潮熱者，主以青蒿、生鱉甲、地骨皮以滋陰透熱。若見發頤、喉嚨腫痛、大頭瘟者，常用板藍根、大青葉、蒲公英、白僵蠶等解毒化痰散結之品，其中發頤、喉嚨腫痛者，必用六神丸，大頭瘟者，必用梅花點舌丹，皆取其解毒消腫止痛之功。
一見壯熱神昏譫語者，即投安宮牛黃丸或局方至寶丹配以鮮九節菖蒲根、郁金、辛夷花、白僵蠶、人中黃等清心開竅，滌熱透邪，謹防熱極動風，劫陰耗液而致痙厥閉脫之變；閉甚者加穿山甲等以活血通竅醒神。
重劑清熱是孔伯華治療溫病的特點，他據于現代溫病傳變迅速的特點，往往在溫病初期即開始應用，生石膏、龍膽草、蓮子心、梔子、紫雪丹等清熱重劑。人多畏此法有引邪深入之患，其實不然。他在應用清里之藥時，必配合辛涼解表之藥如薄荷、桑葉、僵蠶等，又常伍以芳香開竅之品，如鮮九節菖蒲、辛夷、蘇合香丸、安宮牛黃丸等，里清外透，使火熱之氣豁然而去，病愈甚速，此非有膽識者不敢用也。
總之，孔伯華論治溫病，既重清除體內伏邪，同時也不忽視外感的“癘氣淫邪”，視兩者輕重靈活組方，內外兼顧，因此治效奇佳。
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