慢性肝炎或者是由急性黃疸性肝炎失治演變而成，或者是感染乙肝病毒發作而成，治療不當或失治，一少部分會演變成肝硬化、肝癌。本病雖然纏綿難愈，但針對性的治療，還是有明顯療效的。對于延緩病情發展有效。甚至部分病人可以完全控制住病情。
對于慢性肝炎，孔老治療有獨到之處。孔老認為，肝臟氣血俱厚，體陰而用陽。體陰者，肝藏血，乙癸同源，腎水滋生肝木，故以陰為本，今人體質多肝腎陰虛，且肝病濕熱化火，易傷肝陰，故治肝病必須要注重養護肝陰。用陽者，是指肝氣的條達功能。肝氣是脾胃氣機升降的調控者，直接影響脾胃的運化功能，肝氣對肺氣的宣發肅降，心神的安寧，也都有直接的影響，情緒的變化也直接影響肝氣的運行，肝病必有肝氣郁滯，故治療上首先要疏理肝氣。肝氣郁滯必然會影響脾胃升降失常，脾運失常，必生脾濕，脾濕停滯，反過來又會影響肝氣的條達。這樣就會形成氣郁濕阻之證，氣滯濕阻日久，必然化熱，而成肝膽濕熱之證。
氣郁濕阻日久，必生血瘀痰結，則成癥瘕。氣滯濕阻痰結，循環不暢，則形成水停，而為腹水。
綜上所述，孔老認為肝病的病機常有以下幾方面：陰虛、肝郁、氣滯、脾虛、濕阻、濕熱、血瘀、痰凝、水停等。針對以上病機，孔老認為肝病的治療應該從疏肝理氣、解毒養陰、健脾化濕、軟堅化瘀等法綜合治療， 臨床療效頗佳。
基本方：
生牡蠣生鱉甲各15g（先煎）生赭石12g 旋復花12g  綿茵陳30g  炒知柏各10g 川郁金10g  焦麥芽30g   條黃芩10g  川牛膝15g 青連翹10g  炒枳殼10g  萊菔子10g  滑石塊15g 霍石斛30g 赤小豆30g
加減法：
肝區疼痛者酌加香附米10g、小青皮10g、川楝子10g 、延胡索10g、玳玳花10g、玫瑰花10g、佛手10g、廣木香5g等二三味；
黃疸者或伴有脅痛加海金砂15g、雞內金15g、金錢草30g；
大便不通可加全瓜蔞30g、川厚樸10g、焦檳榔10g、火麻仁、酒川軍；
脾濕較盛者加云苓皮30g、川萆薢15g；
肝熱較盛，加焦梔子10g、羚羊鎊1.5個；轉氨酶高者可加熟軍5g；
肝腫瘤者可酌加白花蛇舌草15g、半枝蓮15g；
脾虛者加炒白術10g、或焦白術10g；
濕熱中阻加藿香10g、法半夏10g、川黃連5g、淡吳萸1g；
氣虛者加生黃芪15g~30g；
肝陰不足者加鮮生地30g、鮮石斛30g、耳環石斛10g、杭白芍10g、老黃精15g；
肝性腦病者加辰砂3g、生磁石20g、菖蒲根15g、白蒺藜10g、羚羊鎊1.5g、抽葫蘆15g、冬瓜仁30g；
腹水者加五皮飲，云苓皮30g大腹皮10g、桑白皮10g、干姜皮6g、橘子皮10g絡15g，或加水紅花子15g、抽葫蘆15g、冬瓜仁30g、車前子30g、瞿麥10g、萹蓄10g、炒二丑5g等；
下焦氣化不行者加川椒目3g、北細辛3g，或加沉香面5g（布包同煎）
肝脈寒凝者加淡吳萸10g。
肝硬化、脾大者，正氣不虛可加荊三棱10g、蓬莪術10g、炒二丑各5g。
方解：生牡蠣、生鱉甲咸寒益陰入下焦，養肝體而軟堅散結，此二藥是孔老治療下焦陰虛的常用藥，對于一般肝病如乙肝，也早期應用，可防止其它疏肝芳燥藥物傷陰之弊，且有預防肝硬化的形成，對于肝硬化者，此二品更是軟堅散結的主藥。生赭石、旋復花鎮肝降胃的常用藥對，其中生赭石入肝經血分，有養肝血潛陽的作用，旋復花有下氣、散結、行水之功，對肝病之氣滯、濕阻、水停有良效。綿茵陳、川郁金、焦麥芽是孔老舒理肝氣的常用藥組，茵陳清利肝膽濕熱，川郁金理氣活血、焦麥芽重用疏肝理氣的效果甚佳，三藥配伍，肝經之氣滯血瘀濕停均得運行，照顧周全。肝經氣血濕之停滯，常影響胃氣的正常和降，早期屬于實證氣之腹脹者多，當加炒枳殼、萊菔子以降氣消脹，亦常見肝木郁而克傷脾胃者，此則“見肝之病，當先實脾”，宜加黨參、茯苓、炒白術、生黃芪、砂仁等藥以實脾。肝膽濕熱者多，故常加酒芩、青連翹、赤小豆以配合茵陳清利肝膽濕熱，炒知柏、川牛膝、滑石塊入下焦引濕熱下行。肝脾腫大者，體質較強，可酌加荊三棱10g、蓬莪術10g、炒二丑各5g配合生牡蠣、生鱉甲等活血軟堅。正氣不足者，雖有瘀血之證，但孔老對于活血藥用之較慎，常以益氣扶正之品佐之，以防消化道出血。此方在養陰的基礎上理氣化濕、解毒散結，對乙型肝炎、肝硬化屬于陰虛肝熱脾濕為患者，多有良效。甚至以此方加減治療肝癌也有一定效果。