通過一定的方式完成的一項重大任務叫做工程，清華紫光把與人才有關的工作也作為一項重要的工程，而且是清華紫光的首要工程。這是張正本在1991年提出的，如今已頗有成效，事實證明，人才工程的成功，是清華紫光成功的根本保證。
人是技術載體，人才是科技競爭中勝負的首要決定因素。正因為清華紫光依托清華大學，在人才資源上占有特殊的優勢，它為清華紫光的三大板塊輸送著源源不斷的專業人才，是人才的源泉。
清華紫光人才工程的基本戰略是宏觀選拔、微觀培育。
清華紫光留住人才和使用人才所采取的方針是提供適合其創造發展的舞臺，創造良好的工作條件和環境，提供少后顧之憂直到無后顧之憂的后勤服務。
在用人上，還講求用人不疑、疑人不用的原則。
清華紫光把人才分為帥才、將才、兵才和閑才四類。帥才是只要提供舞臺和基本條件就能為企業帶來豐厚利潤的人；將才是提出主攻方向并提供基本條件能完成任務的人；兵才是在指導下能完成具體工作的人；閑才則是什么都干不好的人。企業中四類人都有，如何安排好四類人的結構是企業人力資源配置的關鍵。帥才是目前企業中最缺少的人才，但太多也會讓企業不穩定；閑才要盡量地減少，他們會影響企業活力，所以清華紫光提倡合理地配置前三類人才。人才在層次上不同，即使在同一層面，也有專長的不同，所以還要講求“文理滲透，合理搭配”。人才工程不是對個別人才的挑選和提拔，而是對帥將兵三才的合理配備和發展。
利用人才要做到“適時適才適所”，就是在適合的時候，把適合的人才安排到適合的位置上。企業在前進中變化，人才也要跟上企業變化的需要，不能滿足工作需要的人，會被踢下這個位置；工作能力強的人，則會往更高的位置走，任何人在企業的位置都不是一成不變的。
為了激勵人才，清華紫光實施了股權與期權激勵。員工持股計劃是一場始于美國的靜悄悄的革命，它的基本管理哲學思想是“企業財富是員工創造的，企業利潤首先要回報員工”，持股對員工的激勵作用是因為實現了利益分享，同時改變了員工在企業中的位置，更為主動地為企業發展而效力。對于中高層管理人員和核心技術人員，企業采取股票期權激勵，將企業與個人的長期利益捆綁在一起。股權與期權制度，是現在時尚流行的激勵方法，因為它改變了員工與企業的關系，將兩者的利益緊緊地聯在一起。清華紫光作為高新技術企業，一直走在社會的前列，2000年就得到了清華大學領導的批準，于2001年將清華大學所有權益20％對應的分紅權授予清華紫光集團的全體員工。同年對母公司進行改制，使員工在母公司持股，并爭取進入試點單位行列。
在薪酬體系方面，2001年清華紫光又推出“工資+期權工資”的人力資源薪酬決策，就是在原有的工資基礎上，增加一個工資額度，這部分工資會在3到4年內發到員工手中，所以稱為“期權工資”，公司又戲稱之為“以觀后效工資”。
員工養老金計劃，也是清華紫光的一種重要激勵辦法。因為目前中國股市尚不成熟、期權的作用還不能很好地體現出來，而養老金計劃更適合中國現在的國情，更能穩住員工的心。員工每年從自己的工資中按比例抽出一部分作為養老金，企業在此數額的一定倍數上增加金額，將這些資金一同存起來，等到員工退休時取用。在清華紫光工作不超過10年就離開的員工不享受養老金待遇，退回他個人工資的部分，不發放企業增發部分；相反，在企業工作越久得到的養老金就越多。員工養老金計劃不受股市變化的影響，比較穩定，這很適合中國人比較求安穩的心理，所以受到員工的歡迎，能很好的發揮激勵作用。
清華紫光還非常重視對人才的信任，這是對人才精神方面的激勵。“疑人不用、用人不疑”、“不打雙打”、“不信任第三方”，給員工任務，就對他信任，放手讓他做，不和下屬的工作沖突，不相信其他人對員工本人不利的話。
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