目前，全球范圍內逐漸形成以美國為首的轉基因支持派和以歐洲為首的反對派兩大陣營，讓它逐漸向國際政治問題轉化。
在美國，因為反對者無法提供證據證實轉基因作物有害，政府傾向于推廣轉基因作物。美國已確定的轉基因品種達到43種，60%以上的加工食品含有轉基因成分，90%以上的大豆，50%以上的玉米、小麥屬于轉基因產品。美國、加拿大兩國的消費者多數已接受轉基因食品。
而歐洲則嚴格限制轉基因作物的種植和進口，現在歐洲的生物技術在很多方面都落后于美國。其他很多國家則在這兩種立場中搖擺不定，但不少國家都批準了轉基因棉花、番茄、甜椒等的商業化生產，但對水稻等主要糧食作物，多數國家仍采取謹慎態度。相關人士稱，開展轉基因安全性評價研究非常重要，但應該以科學的態度重視和研究，不能把轉基因問題視為洪水猛獸避而不談。
壟斷轉基因種子技術的跨國公司也讓很多國家警惕。原本轉基因作物生存能力強，種植容易產量高，既有利于解決饑荒問題，又能切實提高窮國農民的收入技術，因此對發展中國家意義更為重大。然而轉基因作物普及率更高的是發達國家。美加兩國轉基因作物種植面積占全球的8成以上，在號稱抵制轉基因的歐洲，卻有全球6大轉基因種子供應商中的4家在此立足。他們的轉基因種子不但占據物種優勢，而且擁有知識產權，一旦在發展中國家打敗當地種子，最終會讓當地物種無法生存，使大批農民失業，更會令所在國的農業命脈受制于人。
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