自新三板市場建立到2015年邁上發展快車道，至今日掛牌數量已達到8542家，快速擴容的市場給中國經濟帶來影響的同時，也暴露出越來越多的問題。
中國社科院金融研究所所長王國剛認為，新三板擔負著開拓中國新經濟的歷史使命，但同時，行政化仍是包括新三板在內的中國股市面臨的第一大問題，此外，新三板還存在交易量不夠等問題。
在8月12日由新三體主辦的第四屆中國新三板市場交易商大會上，王國剛發表了“新常態 新經濟 新三板”主題演講。
演講中，王國剛表示，中國要發展新經濟需要創造新的技術、新的業態，最關鍵的是要補短板。從經濟角度而言，短板主要由技術、組織方式、體制機制三個因素造成。體制機制限制了資源配置，而體制機制的突破需要市場的沖擊，新三板就是這個市場。所以新三板擔負著開拓中國新經濟的歷史使命，但同時，新三板本身有許多問題需要解決。
王國剛認為，包括新三板在內的中國股票市場第一大問題是行政化，股市中的諸多問題由此而來。中國的股市，一開始就應該邁出體制機制的改革，但非常可惜的是，用了二三十年辛辛苦苦建立起來的中國股市，基本機制并沒有達到西方國家在19世紀三四十年代股市剛剛興起時的機制。
新三板不能夠跟滬深兩個交易所競爭，就是新三板的大問題。新三板目前掛牌企業8000多家，滬深交易所上市企業不過2000多家。市場組織者之間應該有競爭關系，但在行政機制下卻只有協調關系，所以出現了新三板的定位問題。
新三板的第二個問題是交易量不夠。王國剛認為，用流動性不夠來說明新三板的問題可能不是很準確，流動性是對貨幣市場而言，交易量不夠才是股票市場的問題。新三板在交易方面很多地方被抑制，新三板有8000多家的掛牌企業，一年成交量還沒有滬深交易所一天的大。
另外，雖然新三板目前有8000多家掛牌企業，但是與中國3000萬左右的公司總量相比，依然是鳳毛麟角。而且這8000多家掛牌企業魚龍混雜，在這樣的情況下開始的新三板分層分級，并沒有跟整個交易規則相配套。
王國剛最后表示，如果新三板不能和滬深交易所區別開來，闖出自己的道路，那么它將仍然處在行政的安排之中。希望新三板能夠按照市場機制決定資源配置的路子走下去。
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